次世代スーパーコンピュータプロジェクト "次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発"
理化学研究所 次世代計算科学研究開発プログラム
データ解析融合研究開発チーム
(Journal of Bioinformatics and Computational Biology 誌)。詳細は研究成果のページをご覧ください。
09/11/26: ヒト全ゲノム 2 万遺伝子以上を網羅可能な新しいベイジアンネットワーク推定アルゴリズムを開発し,HUVEC マイクロアレイデータを用いてヒト全ゲノム遺伝子ネットワークの推定に成功しました.詳しくは
研究成果のページをご覧ください.
09/11/21: 遺伝子発現情報から転写制御ネットワークの制御信号を逆解析によって推定するための汎用的アニーリングアルゴリズムの開発を行いました.本手法を乳癌トランスクリプトーム解析に適用した結果,Her2タンパク質が過剰発現しているヒト乳癌細胞において,17q12と呼ばれる染色体脆弱領域の遺伝子増幅が癌の表現型に関与していることが明らかになりました.本研究で開発された計算アルゴリズムは,次世代スーパーコンピュータGCアプリ
「LiSDAS」に実装されます.詳しくは
研究成果のページをご覧下さい.
09/11/03: 増殖因子や分子標的薬など外的刺激を加えた場合を想定した複数実験条件間のシステム的な違いを網羅的に探索するための遺伝子ネットワーク比較技術を開発しました.詳しくは
研究成果のページをご覧ください.
>>>過去の情報一覧
「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」におけるデータ解析融合研究開発チームは、飛躍的に増大しているゲノムや遺伝子発現データをペタスケールで解析するアルゴリズム等の応用技術の開発と、データ同化とよばれる技術によりシミュレーションモデルと観測データの融合を図るモデル構築技術の開発にチャレンジしています。特に、データ同化(data assimilation)は、シミュレーションモデルと現実データとの乖離を埋める技術として、理論、実験、シミュレーションに続く第4の科学、第4の方法論として注目されています。
将来的に創薬ターゲット探索や個人差を考慮した医療のための基盤情報技術の構築を目指しています。れによりヒト全遺伝子を対象とした創薬ターゲット遺伝子探索の実現につなげます。
現在、「肺がんと薬」をテーマにチーム内外での相乗効果を発揮させながら、生体におけるネットワーク構造と動的シミュレーションモデルの推定、データ同化技術の活用による一般モデルから個のモデルを創出する技術の開発に取り組んでいます。