ソフトウェア

SiGN-SSM

SiGN-SSM(サイン-SSM) ã¯æ™‚系列éºä¼å­ç™ºç¾ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã‹ã‚‰éºä¼å­ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã‚’推定ã™ã‚‹ãŸã‚ã®ã‚ªãƒ¼ãƒ—ンソースソフトウェアã§ã™ï¼Ž SiGN-SSMã¯çŠ¶æ…‹ç©ºé–“モデル(SSM: State Space Model) ã¨å‘¼ã°ã‚Œã‚‹å‹•çš„ãªçµ±è¨ˆãƒ¢ãƒ‡ãƒ«ã‚’時系列ã®å¤šå¤‰é‡è¦³æ¸¬ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã‹ã‚‰æŽ¨å®šã—ã¾ã™ï¼Ž 状態空間モデルã¯ï¼Œæ ¸ã¨ãªã‚‹å‹•çš„システムを記述ã™ã‚‹ã€Œãƒ¢ã‚¸ãƒ¥ãƒ¼ãƒ«ã€ã¨ï¼Œ モジュールã‹ã‚‰å„éºä¼å­ã¸ã®å¯¾å¿œä»˜ã‘ã«ã‚ˆã‚Šï¼Œ 細胞内éºä¼å­ç™ºç¾ã®å‹•çš„ãªå¤‰åŒ–ãŠã‚ˆã³éºä¼å­é–“ã®ä¾å­˜é–¢ä¿‚をモデル化ã—ã¾ã™ï¼Ž SiGN-SSM ã¯æ§˜ã€…ãªä¸¦åˆ—実行環境を用ã„ã¦ä¸¦åˆ—動作ã™ã‚‹ã“ã¨ãŒå¯èƒ½ã§ï¼Œ 通常㮠PC ã«æ­è¼‰ã•ã‚ŒãŸãƒžãƒ«ãƒã‚³ã‚¢ CPU ã«ã‚ˆã‚‹ä¸¦åˆ—実行ã‹ã‚‰ PC クラスタや 超並列スーパーコンピュータを用ã„ãŸæ•°ç™¾ã€œæ•°åƒä¸¦åˆ—ã®å‹•ä½œã«å¯¾å¿œã—ã¦ã„ã¾ã™ï¼Ž SiGN-SSM ã¯éºä¼å­é–“ã®å‹•çš„ãªä¾å­˜é–¢ä¿‚を解æžã™ã‚‹ã ã‘ã§ãªã, 時系列データを用ã„ãŸæœ‰æ„ã«ç™ºç¾å·®ã®ã‚ã‚‹éºä¼å­æŠ½å‡ºã‚‚å¯èƒ½ã§ã™ï¼Ž

※本ソフトウェアã¯ä¸‹è¨˜ TRANS-MNET ã«æ©Ÿèƒ½ã‚’追加ã—,新ãŸã«ã‚ªãƒ¼ãƒ—ンソースã¨ã—ã¦å…¬é–‹ã—ãŸã‚‚ã®ã§ã™ï¼Ž

CSML

CSML (Cell System Markup Language) ã¯ã€ç´°èƒžå†…ã®éºä¼å­åˆ¶å¾¡ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã€ä»£è¬ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã€ã‚·ã‚°ãƒŠãƒ«ä¼é”ç³»ã€ç´°èƒžé–“ã®åˆ¶å¾¡é–¢ä¿‚ãªã©ã‚’ã€ã‚·ã‚¹ãƒ†ãƒ ãƒ€ã‚¤ãƒŠãƒŸã‚¯ã‚¹ã‚’å«ã‚ã¦è¨˜è¿°ã™ã‚‹ãŸã‚ã® XML フォーマットã§ã™ã€‚ä»–ã®ç”Ÿä½“内パスウェイ記述 XML フォーマットã§ã‚ã‚‹CellMLã‚„SBMLå½¢å¼ã‚’包å«ã§ãるよã†å®šç¾©ã•ã‚Œã¦ã„ã¾ã™ã€‚ã•ã‚‰ã«ã€ã‚ˆã‚ŠåŽ³å¯†ã‹ã¤åŠ¹çŽ‡çš„ã«ä»–å½¢å¼ã¨ã®ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã®ã‚„ã‚Šã¨ã‚Šã‚’実ç¾ã™ã‚‹ãŸã‚〠CSML 㯠OWL ã§è¨˜è¿°ã—ãŸã‚ªãƒ³ãƒˆãƒ­ã‚¸ãƒ¼è¨€èªž CSO (Cell System Ontology) を利用ã—ã¦å®šç¾©ã—ã¦ã„ã¾ã™ã€‚ CSO ã¯ã€ã‚·ã‚°ãƒŠãƒ«ä¼é”経路やéºä¼å­åˆ¶å¾¡ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã‚’ダイナミクスをå«ã‚ã¦çŸ¥è­˜è¡¨ç¾ã™ã‚‹ã«ãŠã„ã¦å¿…é ˆã¨è€ƒãˆã‚‰ã‚Œã‚‹èªžå½™ã‚’定義ã—ã¦ã„ã¾ã™ã€‚ã•ã‚‰ã«ã€ã•ã¾ã–ã¾ãªã‚¢ãƒ—リケーション間ã§è¦–覚情報も標準化ã—ã¦ç›¸äº’ã«ã‚„ã‚Šã¨ã‚Šã§ãるよã†ã«ã™ã‚‹ãŸã‚〠CSO ã§ã¯å„語彙ã«å¯¾ã—ã¦æ¨™æº–ã®ã‚¢ã‚¤ã‚³ãƒ³ã‚’定義ã—ã¦ã„ã¾ã™ã€‚

Cell Illustrator

Cell Illustrator Cell Illustrator (セルイラストレータ) ã¯ã€å½“研究室ã§é–‹ç™ºã—ã¦ã„るソフトウェアã§ã€æœ€æ–°ç‰ˆã®Cell Illustrator Online 4.0ã®è£½å“版ãŒæ±äº¬å¤§å­¦ã‚ˆã‚Šæ ªå¼ä¼šç¤¾ã‚»ãƒ«ã‚¤ãƒŽãƒ™ãƒ¼ã‚¿ãƒ¼ã«ãƒ©ã‚¤ã‚»ãƒ³ã‚¹ã•ã‚Œã¦ã„ã¾ã™ã€‚2009å¹´6月ã®æ™‚点ã§ã€ãƒãƒ¼ã‚¸ãƒ§ãƒ³ 4.0 ãŒæœ€æ–°ã«ãªã£ã¦ã„ã¾ã™ã€‚パスウェイをæã機能ã¨ã‚·ãƒŸãƒ¥ãƒ¬ãƒ¼ã‚·ãƒ§ãƒ³ã®æ©Ÿèƒ½ãŒä¸€ä½“ã¨ãªã£ã¦ã„るソフトウェアã§ã™ã€‚CIOã¯ã€ã€Œç”Ÿç‰©ç³»ã®ç ”究室ã«æ‰€å±žã™ã‚‹ç ”究者ãŒå®Ÿé¨“ã‚’ã™ã‚‹ã‹ãŸã‚らã€ãƒ‘スウェイã®æƒ…報を知識整ç†ã—ã€ãã®çŸ¥è­˜æ•´ç†ã—ãŸãƒ¢ãƒ‡ãƒ«ã‚’シミュレーションã™ã‚‹ã“ã¨ã§æ¬¡ã®å®Ÿé¨“ã«ä½•ã‚’ã™ã‚‹ã‹ã‚’決ã‚られるã€ã“ã¨ã‚’目標ã¨ã—ã¦é–‹ç™ºã•ã‚Œã¦ãŠã‚Šã€ãƒ‘スウェイをã¾ã‚‹ã§çµµã‚’æãよã†ã«ç›´æ„Ÿçš„ãªæ“作ã§ä½œæˆã™ã‚‹ã“ã¨ãŒå¯èƒ½ã§ã™ã€‚ã¾ãŸã€ä½œæˆã•ã‚ŒãŸãƒ¢ãƒ‡ãƒ«ã®å†åˆ©ç”¨æ€§ã‚’高ã‚るオントロジーã®æ©Ÿèƒ½ã‚‚ユーザーãŒæ„è­˜ã™ã‚‹ã“ã¨ãªã自動的ã«åˆ©ç”¨ã§ãるよã†ã«ãªã£ã¦ã„ã¾ã™ã€‚ã“ã®ã‚ªãƒ³ãƒˆãƒ­ã‚¸ãƒ¼ã®æƒ…å ±ã¯ã€CIOã§ä½œæˆã—ãŸãƒ¢ãƒ‡ãƒ«ã®æ­£å½“性検査や自動レイアウトã«æ´»ã‹ã•ã‚Œã¦ã„ã¾ã™ã€‚ CIOã®ã‚·ãƒŸãƒ¥ãƒ¬ãƒ¼ã‚·ãƒ§ãƒ³ã®ã‚¨ãƒ³ã‚¸ãƒ³ã¯ Petri netã¨ã„ã†è¦–覚化表ç¾ã«ã‚‚ã¨ã¥ã並列ã€åˆ†æ•£ã€ç¢ºçŽ‡çš„挙動ã®ã‚·ãƒŸãƒ¥ãƒ¬ãƒ¼ã‚·ãƒ§ãƒ³ã‚’å¾—æ„ã¨ã™ã‚‹è¨€èªžã‚’より生体内パスウェイã®ãƒ¢ãƒ‡ãƒ«åŒ–ã«æ‹¡å¼µã—ãŸãƒã‚¤ãƒ–リッド視覚化表ç¾æ‰‹æ³•ï¼ˆHybrid Functional Petri Net)を開発ã€å®Ÿè£…ã—ã¦ãŠã‚Šã€ã¨ã¦ã‚‚強力ãªã‚·ãƒŸãƒ¥ãƒ¬ãƒ¼ã‚·ãƒ§ãƒ³ã‚¨ãƒ³ã‚¸ãƒ³ã§ã™ã€‚セルイラストレータã§ä½œæˆã•ã‚ŒãŸãƒ¢ãƒ‡ãƒ«ã¯Office2007ã§ã‚‚標準形å¼ã¨ã—ã¦æŽ¡ç”¨ã•ã‚Œã¦ã„る記法ã¨åŒã˜XMLフォーマットã§ã‚ã‚‹CSML å½¢å¼ã«ãªã£ã¦ãŠã‚Šã€ ä»–ã®ç”Ÿä½“内パスウェイを表記ã™ã‚‹ãƒ•ã‚©ãƒ¼ãƒžãƒƒãƒˆã§ã‚ã‚‹CellML ã‚„ SBMLを読ã¿è¾¼ã‚€ã“ã¨ã‚‚ã§ãã€æ—¢å­˜ã®æ•°ç™¾ã®ã‚·ãƒŸãƒ¥ãƒ¬ãƒ¼ã‚·ãƒ§ãƒ³å¯èƒ½ãªç”Ÿä½“内パスウェイを表示・編集ã™ã‚‹ã“ã¨ãŒã§ãã¾ã™ã€‚セルイラストレータã¯ã€æ±äº¬å¤§å­¦åŒ»ç§‘学研究所ã®ä»–ã€å±±å£å¤§å­¦å¤§å­¦é™¢ç†å·¥å­¦ç ”究科ã€ã‚ªãƒ¼ã‚¹ãƒˆãƒ©ãƒªã‚¢ã®ã‚¯ã‚£ãƒ¼ãƒ³ã‚ºãƒ©ãƒ³ãƒ‰å¤§å­¦åˆ†å­ç”Ÿç‰©åŒ–学研究所 (IMB) ã‚„ ARC ãƒã‚¤ã‚ªã‚¤ãƒ³ãƒ•ã‚©ãƒžãƒ†ã‚£ã‚¯ã‚¹ã‚»ãƒ³ã‚¿ãƒ¼ã§è¡Œã‚ã‚Œã¦ã„ã‚‹ Visible Cell プロジェクトãªã©ã§åˆ©ç”¨ã•ã‚Œã•ã¾ã–ã¾ãªæˆæžœã‚’挙ã’ã¦ã„ã¾ã™ã€‚ ã¾ãŸã€ Cell Animator ã¨ã„ã†ãƒ„ールも開発ã•ã‚Œã¦ãŠã‚Šã€ã‚·ãƒŸãƒ¥ãƒ¬ãƒ¼ã‚·ãƒ§ãƒ³ã®çµæžœã‚’アニメーションã§è¦‹ã‚‹ã“ã¨ãŒã§ãã¾ã™ã€‚

å‚考文献: 「システム生物学ãŒã‚ã‹ã‚‹ï¼ã€â€•ã‚»ãƒ«ã‚¤ãƒ©ã‚¹ãƒˆãƒ¬ãƒ¼ã‚¿ã‚’使ã£ã¦ã¿ã‚ˆã†â€•ï¼ˆå…±ç«‹å‡ºç‰ˆï¼‰ “Foundations of Systems Biology: Using Cell Illustrator and Pathway Databasesâ€, Springer (近刊)

CSML Pipeline

システム生物学ã®åˆ†é‡Žã§ã¯ã€ãƒžã‚¤ã‚¯ãƒ­ã‚¢ãƒ¬ã‚¤ã€CAGE, qRT-PCRãªã©ã®æ‰‹æ³•ã«ã‚ˆã£ã¦è¨ˆæ¸¬ã•ã‚ŒãŸãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã‚’解æžã™ã‚‹ã“ã¨ã§ã€éºä¼å­é–“ã®åˆ¶å¾¡æ§‹é€ ã‚’パスウェイã¨ã—ã¦æŽ¨å®šã—ãŸã‚Šã€in silicoã§ãƒ¢ãƒ‡ãƒ«åŒ–ã—ãŸãƒ‘スウェイをシミュレーションã™ã‚‹ã“ã¨ã§ã€æœªçŸ¥ã®åˆ¶å¾¡å› å­ã‚’探索ã—ãŸã‚Šã™ã‚‹ã“ã¨ã‚’è¡Œã£ã¦ã„ã¾ã™ã€‚ã¾ãŸã€æ–‡çŒ®æƒ…報を自然言語処ç†ã‚„エキスパートãŒèª­ã‚€ã“ã¨ã§æŠ½å‡ºã—ãŸéºä¼å­é–“ã®é–¢ä¿‚ã‚’æ•´ç†ã—パスウェイã®ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ãƒ™ãƒ¼ã‚¹ã¨ã—ã¦å…¬é–‹ã™ã‚‹ã“ã¨ã‚‚ãŠã“ãªã£ã¦ã„ã¾ã™ã€‚ ã“れら一連ã®ãƒ‘スウェイã®æƒ…報を整ç†ã™ã‚‹ãŸã‚ã«ã€ã‚·ã‚¹ãƒ†ãƒ ç”Ÿç‰©å­¦ã®åˆ†é‡Žã§ã¯ã€ã„ãã¤ã‹ã®è¡¨è¨˜è¦å‰‡ãŒæ案ã•ã‚Œã¦ã„ã¾ã™ã€‚本プロジェクトã§ã¯ã€CSML (Cell System Markup Language http://www.csml.org/) ã¨ã„ã†XML記法ã«åŸºã¥ã表記è¦å‰‡ã‚’開発ã—ã¦ã„ã¾ã™ã€‚CSMLを用ã„ã‚‹ã“ã¨ã§ã€ç´°èƒžå†…ã®éºä¼å­åˆ¶å¾¡ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã€ä»£è¬ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã€ã‚·ã‚°ãƒŠãƒ«ä¼é”ç³»ã€ç´°èƒžé–“ã®åˆ¶å¾¡é–¢ä¿‚ãªã©ã‚’ã€ã‚·ã‚¹ãƒ†ãƒ ãƒ€ã‚¤ãƒŠãƒŸã‚¯ã‚¹ã‚’å«ã‚ã¦è¨˜è¿°ã™ã‚‹ã“ã¨ãŒã§ãã¾ã™ã€‚本研究室ã§ã¯ã€ã“ã®CSML表ç¾å½¢å¼ã«åŸºã¥ãã€ã‚·ã‚¹ãƒ†ãƒ ç”Ÿç‰©å­¦ã®åˆ†é‡Žã§è¡Œã‚ã‚Œã¦ã„ã‚‹ã•ã¾ã–ã¾ãªãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã®æŽ¨å®šã€æ•´ç†ã€å¯è¦–化ãªã©è§£æžã®ãƒ•ãƒ­ãƒ¼ã‚’視覚的ã«æ•´ç†ã€å®Ÿè¡Œã™ã‚‹ãŸã‚ã®çµ±åˆè§£æžç’°å¢ƒCSMLPipelineã¨ã„ã†ã‚½ãƒ•ãƒˆã‚¦ã‚§ã‚¢ã‚’開発ã—ã¦ã„ã¾ã™ã€‚ CSMLPipelineã§ã¯ã€å‹•çš„ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ãƒ‘ラメータ推定ã€é™çš„グラフ構造解æžã€ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã®è‡ªå‹•ãƒ¬ã‚¤ã‚¢ã‚¦ãƒˆã€ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã®è¦–覚化ã€ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã®ãƒ•ã‚£ãƒ«ã‚¿ãƒªãƒ³ã‚°ãªã©ã®300以上ã®è§£æžã‚³ãƒ³ãƒãƒ¼ãƒãƒ³ãƒˆã‚’登録ã—ã¦ãŠã‚Šã€ç¾åœ¨ã‚‚活発ã«ã‚³ãƒ³ãƒãƒ¼ãƒãƒ³ãƒˆã®æ”¹è‰¯ã€è¿½åŠ ã‚’è¡Œã£ã¦ã„ã¾ã™ã€‚

Cluster

ã“ã®ã‚½ãƒ•ãƒˆã‚¦ã‚§ã‚¢ã¯ï¼Œãƒžã‚¤ã‚¯ãƒ­ã‚¢ãƒ¬ã‚¤ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ãªã©ã®éºä¼å­ç™ºç¾ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã®ã‚¯ãƒ©ã‚¹ã‚¿ãƒªãƒ³ã‚°ã®ãŸã‚ã® C 言語ã§æ›¸ã‹ã‚ŒãŸãƒ©ã‚¤ãƒ–ラリã§ã™ï¼Žã“ã®ãƒ©ã‚¤ãƒ–ラリã¯ï¼ŒéšŽå±¤ã‚¯ãƒ©ã‚¹ã‚¿ãƒªãƒ³ã‚° (correlation, ユークリッドè·é›¢ï¼Œ L1 è·é›¢ãªã©ã®ã•ã¾ã–ã¾ãªé¡žä¼¼åº¦ï¼ŒãŠã‚ˆã³ï¼Œaverage, centroid, complete, single linage ãªã©ã®ã•ã¾ã–ã¾ãªã‚¯ãƒ©ã‚¹ã‚¿é–“ã®è·é›¢ã®å®šç¾©ã‚’å«ã‚€),k-means,k-median クラスタリング,2次元自己組織化マップã®ã‚³ãƒ¼ãƒ‰ã‚’å«ã‚“ã§ã„ã¾ã™ï¼Žã•ã‚‰ã«ï¼Œã“ã®ãƒ©ã‚¤ãƒ–ラリã®ãŸã‚ã® Python 㨠Perl ã®ãƒ¢ã‚¸ãƒ¥ãƒ¼ãƒ«ã‚’用æ„ã—ã¦ã„ã¾ã™ï¼Žã¾ãŸï¼ŒSingle linkage を用ã„ãŸéšŽå±¤åž‹ã‚¯ãƒ©ã‚¹ã‚¿ãƒªãƒ³ã‚°ã¯ï¼Œ 10 万を超ãˆã‚‹å€‹ä½“ã‚’å–り扱ãˆã‚‹ã‚ˆã†ï¼Œãƒ¡ãƒ¢ãƒªåŠ¹çŽ‡ã®è‰¯ã„アルゴリズムを実装ã—ã¦ã„ã¾ã™ï¼Žã“ã®ãƒ©ã‚¤ãƒ–ラリã¯ï¼Œ NCBI ã§ã‚‚公的ã«ç”¨ã„られã¦ã„ã¾ã™ï¼Ž

ArrayCluster

マイクロアレイデータã®ã‚¯ãƒ©ã‚¹ã‚¿ãƒªãƒ³ã‚°æ‰‹æ³•ã§ã‚ã‚‹Mixed Factors Analysisを実行ã§ãるソフトウェアã§ã™ï¼ŽMixed Factors Analysis ã¯ï¼Œçµ±è¨ˆè§£æžæ‰‹æ³•ã§ã‚ã‚‹å› å­åˆ†æž (Factor Analysis) ã‚’æ··åˆåˆ†å¸ƒåŒ–ã—ãŸã‚‚ã®ã«ç›¸å½“ã—ã¾ã™ï¼Žä¾‹ãˆã°ï¼Œç™Œç´°èƒžã®éºä¼å­ç™ºç¾çŠ¶æ…‹ã‚’計測ã—ãŸè¤‡æ•°æžšã®ãƒžã‚¤ã‚¯ãƒ­ã‚¢ãƒ¬ã‚¤ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ãŒã‚ã£ãŸã¨ã—ã¾ã™ï¼Žã“ã®ã¨ã,マイクロアレイデータã«åŸºã¥ã癌細胞をクラスタリングã™ã‚‹ã¨ï¼Œçµ„織学ã‹ã‚‰ã§ã¯åˆ†é¡žã™ã‚‹ã“ã¨ã®å›°é›£ãªç™Œã®ã‚µãƒ–クラスを発見ã§ã,ãれらãŒè–¬ã®åŠ¹æžœï¼Œå‰¯ä½œç”¨ã‚„予後ã«é–¢é€£ã—ã¦ã„ã‚‹å¯èƒ½æ€§ãŒã‚ã‚Šã¾ã™ï¼Žã—ã‹ã—ãªãŒã‚‰ï¼Œã“ã®ã‚ˆã†ãªã‚¯ãƒ©ã‚¹ã‚¿ãƒªãƒ³ã‚°ã¯ï¼Œå„癌細胞ã®ç‰¹å¾´ãƒ™ã‚¯ãƒˆãƒ«ãŒéºä¼å­æ•°ã¨åŒã˜é•·ã•ã®ãƒ™ã‚¯ãƒˆãƒ«ã¨ãªã‚‹ã“ã¨ã‹ã‚‰ï¼Œè¶…高次元ベクトルã®ã‚¯ãƒ©ã‚¹ã‚¿ãƒªãƒ³ã‚°å•é¡Œã¨ãªã‚Šã¾ã™ï¼Žã“ã®å•é¡Œã«å¯¾å‡¦ã™ã‚‹ãŸã‚,Mixed Factors Analysis ã§ã¯ï¼Œæ¬¡å…ƒåœ§ç¸®ã¨åœ§ç¸®ã—ãŸå…ˆã§ã®æ··åˆåˆ†å¸ƒã®å½“ã¦ã¯ã‚ã‚’åŒæ™‚ã«è¡Œã„ã¾ã™ï¼Žã¤ã¾ã‚Šï¼Œæ¬¡å…ƒåœ§ç¸®ã¯ï¼Œæ··åˆåˆ†å¸ƒã®å½“ã¦ã¯ã‚ãŒã§ãã‚‹ã ã‘良ããªã‚‹ã‚ˆã†ã«èª¿æ•´ã•ã‚Œã¾ã™ï¼Žåœ§ç¸®ã™ã‚‹æ¬¡å…ƒæ•°ã®é¸æŠžã¯ãƒ™ã‚¤ã‚ºåž‹æƒ…å ±é‡è¦æº– BIC ã«ã‚ˆã‚Šè‡ªå‹•çš„ã«æœ€é©åŒ–ã•ã‚Œã¾ã™ï¼Ž

TRANS-MNET

transmnet.jpg 時系列éºä¼å­ç™ºç¾ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã‹ã‚‰ã€çŠ¶æ…‹ç©ºé–“モデル (State Space Model) を用ã„ã¦ã€è»¢å†™ãƒ¢ã‚¸ãƒ¥ãƒ¼ãƒ«ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ãŠã‚ˆã³éºä¼å­é–“ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã‚’推定ã™ã‚‹ãŸã‚ã®ã‚½ãƒ•ãƒˆã‚¦ã‚§ã‚¢ã§ã™ã€‚時系列éºä¼å­ç™ºç¾ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã¨ã¯ã€ãƒžã‚¤ã‚¯ãƒ­ã‚¢ãƒ¬ã‚¤ç­‰ã«ã‚ˆã‚Šã€ã‚る期間ã«æ¸¡ã£ã¦è¤‡æ•°å›žã€éºä¼å­ã®ç™ºç¾çŠ¶æ…‹ã‚’計測ã™ã‚‹ã“ã¨ã«ã‚ˆã£ã¦ã€éºä¼å­ç™ºç¾ã®æ™‚間変化をã¿ã‚‹ãŸã‚ã®ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã§ã™ã€‚ãã®ã‚ˆã†ãªãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã‹ã‚‰ã€éºä¼å­é–“ã®åˆ¶å¾¡é–¢ä¿‚を推定ã™ã‚‹ãŸã‚ã®ãƒ¢ãƒ‡ãƒ«ã¨ã—ã¦ã¯ã€ã¾ãšã€éºä¼å­å¯¾éºä¼å­ã®é–¢ä¿‚を直接的ã«è¡¨ç¾ã™ã‚‹ã€ä¸€æ¬¡ã®ãƒ™ã‚¯ãƒˆãƒ«è‡ªå·±å›žå¸°ãƒ¢ãƒ‡ãƒ«ã®é©ç”¨ãŒè€ƒãˆã‚‰ã‚Œã¾ã™ã€‚ã—ã‹ã—ãªãŒã‚‰ã€é€šå¸¸å¾—られる時系列éºä¼å­ç™ºç¾ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã«ã¯ã€è€ƒæ…®ã™ã‚‹éºä¼å­ã®æ•° (数百ã‹ã‚‰æ•°åƒ) ã«æ¯”ã¹ã¦ã€è¨ˆæ¸¬ã•ã‚Œã‚‹æ™‚点数 (10 点å‰å¾Œ) ã®æ•°ãŒéžå¸¸ã«å°‘ãªã„ (超高次元短時系列) ã¨ã„ã†ç‰¹å¾´ãŒã‚ã‚‹ãŸã‚ã€ãã®ã¾ã¾è‡ªå·±å›žå¸°ãƒ¢ãƒ‡ãƒ«ã«å«ã¾ã‚Œã‚‹ãƒ‘ラメータを推定ã™ã‚‹ã“ã¨ã¯å›°é›£ã§ã™ã€‚状態空間モデルã§ã¯ã€å¤šãã®éºä¼å­ã®ç™ºç¾çŠ¶æ…‹ã‚’ã€å°‘æ•°ã®æ½œåœ¨å¤‰æ•°ã®ç™ºç¾çŠ¶æ…‹ã¸ç¸®ç´„ã™ã‚‹ã“ã¨ã«ã‚ˆã‚Šã€ãƒ‘ラメータã®æŽ¨å®šã®å›°é›£ã•ã‚’å…‹æœã—ã¾ã™ã€‚ã¾ãŸã€ãã®æ½œåœ¨å¤‰æ•°ã¯ã€æ¯”較的少数ã®å› å­ã‹ã‚‰åˆ¶å¾¡ã‚’å—ã‘共発ç¾ã™ã‚‹éºä¼å­ã‚’代表ã™ã‚‹ãƒ¡ã‚¿éºä¼å­ã¨ã—ã¦è§£é‡ˆãŒå¯èƒ½ã§ã‚ã‚Šã€è»¢å†™ãƒ¢ã‚¸ãƒ¥ãƒ¼ãƒ«ã¨å‘¼ã°ã‚Œã¾ã™ã€‚ 推定パラメータを利用ã—ã¦ã€è»¢å†™ãƒ¢ã‚¸ãƒ¥ãƒ¼ãƒ«é–“制御ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã®æŽ¨å®šãŠã‚ˆã³ã€å„転写モジュールã«æ‰€å±žã™ã‚‹éºä¼å­ç¾¤ã®æŽ¨å®šãŒå¯èƒ½ã§ã™ã€‚ã¾ãŸæ›´ã«ã€ãƒ‘ラメータã®å¤‰æ›ã‚’通ã˜ã¦ã€ãƒ™ã‚¯ãƒˆãƒ«è‡ªå·±å›žå¸°ãƒ¢ãƒ‡ãƒ«ã§ã¯ç›´æŽ¥ã®æŽ¨å®šãŒå›°é›£ã§ã‚ã£ãŸã€éºä¼å­é–“ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã®æŽ¨å®šã‚‚å¯èƒ½ã§ã™ã€‚

MetaGeneProfiler

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software.txt · 最終更新: 2018/05/07 20:34 by mlabadm