研究活動

 本分野ã¯ã€ãã®å‰µè¨­æ™‚ã«ã¯ã‚²ãƒŽãƒ è¨ˆç”»ã‹ã‚‰ç”Ÿç”£ã•ã‚Œã‚‹DNAやタンパク質ã®é…列情報ãªã©ã‚’解æžã™ã‚‹ãŸã‚ã®è¨ˆç®—科学的方法論åŠã³æŠ€è¡“を開発ã™ã‚‹ã“ã¨ã‚’目的ã¨ã—ã¦ã„ãŸã€‚ã—ã‹ã—ã€21世紀ã«ãªã‚ŠåŒ»ç§‘学・生命科学ã¯ã‚²ãƒŽãƒ ç ”究を基礎ã¨ã—ã¦é…列情報ã ã‘ã§ãªã病気や生命システムã«é–¢ã™ã‚‹è¶…多次元・超ヘテロãªå¤§è¦æ¨¡ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã‚’日常的ã«ç”Ÿã¿å‡ºã™ã‚ˆã†ã«ãªã‚Šã€ç—…気や生命をゲノムã‹ã‚‰ã‚·ã‚¹ãƒ†ãƒ ãƒ¬ãƒ™ãƒ«ã¾ã§ç†è§£ã—ã€ãれを創薬や治療ã¸ã¨ã¤ãªã’ã¦ã„ããŸã‚ã®è¨ˆç®—戦略・情報マãƒãƒ¼ã‚¸ãƒ¡ãƒ³ãƒˆæˆ¦ç•¥ã®æ§‹ç¯‰åŠã³ãã®ãŸã‚ã®è¦ç´ æƒ…報技術ã®é–‹ç™ºãŒã€ã‚²ãƒŽãƒ ã‚’基盤ã¨ã—ãŸç ”究ã«ä¸å¯æ¬ ã®èª²é¡Œã¨ãªã£ãŸã€‚ã“ã®èª²é¡Œã®ãŸã‚ã€æœ¬åˆ†é‡Žã¯ã‚·ã‚¹ãƒ†ãƒ ç”Ÿç‰©å­¦ãƒ»åŒ»ç§‘å­¦ã¨ã„ã‚れる領域ã§ã€ä»¥ä¸‹ã®ï¼“é …ç›®ã®ç ”究を展開ã—ã€ã¾ãŸãƒã‚¤ã‚ªã‚¤ãƒ³ãƒ•ã‚©ãƒžãƒ†ã‚£ã‚¯ã‚¹ã®æŽ¨é€²ã®ãŸã‚ã®æ´»å‹•ã‚’è¡Œã£ã¦ããŸã€‚ã“ã†ã—ãŸç ”究ã¯ã€ãƒ’トゲノム解æžã‚»ãƒ³ã‚¿ãƒ¼ã«è¨­ç½®ã•ã‚Œã¦ã„るスーパーコンピュータシステム(以下ã€ã‚¹ãƒ‘コンã¨ç•¥ã™ï¼‰ã‚’利用ã™ã‚‹ã“ã¨ã§ã¯ã˜ã‚ã¦é‚è¡Œå¯èƒ½ã¨ãªã£ãŸã€‚

éºä¼å­ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ç ”究ã¨è–¬å‰¤æ¨™çš„éºä¼å­ã®æŽ¢ç´¢

 マイクロアレイを用ã„ã¦å¾—られるéºä¼å­ç™ºç¾ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã‚„様々ãªã‚²ãƒŽãƒ ãƒ¯ã‚¤ãƒ‰éºä¼å­é–¢é€£æƒ…報(タンパク質相互作用ã€ã‚¿ãƒ³ãƒ‘ク質細胞内局在情報ãªã©ï¼‰ã«åŸºã¥ãéºä¼å­ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã‚’推定ã™ã‚‹ãŸã‚ã®ãƒ™ã‚¤ã‚ºçµ±è¨ˆå­¦ã«åŸºã¥ã最先端ã®çµ±è¨ˆãƒ¢ãƒ‡ãƒ«ã®é–‹ç™ºã‚’è¡Œã£ã¦ã„ã¾ã™ã€‚特ã«ã€ãƒ™ã‚¤ã‚¸ã‚¢ãƒ³ãƒ»ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã€çŠ¶æ…‹ç©ºé–“モデルã€Lasso回帰モデルãªã©ã‚’基ã«ã—ã¦ã€æ•°åƒå€‹ã®éºä¼å­ã‹ã‚‰ãªã‚‹éºä¼å­ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã®æŽ¨å®šãƒ»è§£æžã®ç ”究を行ã£ã¦ã„る。スーパーコンピュータを用ã„ãŸå¤§è¦æ¨¡è¨ˆç®—ã«ã‚ˆã£ã¦æŽ¨å®šã•ã‚ŒãŸéºä¼å­ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã‚’用ã„ã€è–¬å‰¤æ¨™çš„éºä¼å­ã®æŽ¢ç´¢ãƒ»ç—…気や薬剤応答ã«é–¢ã™ã‚‹éºä¼å­ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã®æŽ¢ç´¢ç ”究ã§å…ˆç«¯çš„æˆæžœã‚’上ã’ã¦ã„ã¾ã™ã€‚

生命システムã®ãƒ¢ãƒ‡ãƒ«åŒ–ã¨ã‚·ãƒŸãƒ¥ãƒ¬ãƒ¼ã‚·ãƒ§ãƒ³ã®ç ”究

 éºä¼å­åˆ¶å¾¡æƒ…報やシグナルä¼é”ãªã©ã®ç”Ÿå‘½ã‚·ã‚¹ãƒ†ãƒ ã«é–¢ã™ã‚‹çŸ¥è­˜ã‚„データを電å­çš„ã«æ•´ç†ã™ã‚‹æŠ€è¡“åŠã³ã€ãã‚Œã«åŸºã¥ã„ã¦ã‚·ãƒŸãƒ¥ãƒ¬ãƒ¼ã‚·ãƒ§ãƒ³å¯èƒ½ãªãƒ¢ãƒ‡ãƒ«ã‚’構築ã™ã‚‹æŠ€è¡“を開発ã™ã‚‹ã“ã¨ã§éºä¼å­æ©Ÿèƒ½ã‚„生命システムã®è§£æžã‚’å¯èƒ½ã¨ã™ã‚‹æƒ…報技術を開発ã—ãŸã€‚ãã®æˆæžœã¯Cell Illustratorã¨ã„ã†ãƒ‘スウェイã®ãƒ¢ãƒ‡ãƒªãƒ³ã‚°ã¨ã‚·ãƒŸãƒ¥ãƒ¬ãƒ¼ã‚·ãƒ§ãƒ³ã®ãŸã‚ã®ã‚½ãƒ•ãƒˆã‚¦ã‚§ã‚¢ã¨ã—ã¦å•†ç”¨åŒ–ã•ã‚Œã¦ã„る。ã¾ãŸåŒæ™‚ã«ã€ç”Ÿå‘½ã‚·ã‚¹ãƒ†ãƒ æƒ…報を記述ã™ã‚‹ãŸã‚ã®è¨€èªžã¨ã—ã¦CSML (Cell System Markup Language)(http://www.csml.org/)を開発ã—ã€ã“ã®Cell Illustratorã«ç”¨ã„ã¦ã„る。ã¾ãŸã€åŒ»ç§‘å­¦ã®å®Ÿé¨“系研究室ã¨å…±åŒç ”究を並行ã—ã€ç—…æ…‹ã®ãƒ¢ãƒ‡ãƒ«æ§‹ç¯‰ã‚„éºä¼å­æ©Ÿèƒ½ã®äºˆæ¸¬ãªã©ã«è²¢çŒ®ã—ã€ã‚·ã‚¹ãƒ†ãƒ ã«åŸºã¥ã„ãŸåŒ»ç§‘学研究ã®æ–°ãŸãªãƒ‘ラダイムを創ã‚ã†ã¨ã—ã¦ã„る。

ペタスケール計算ã«ã‚ˆã‚‹ç”Ÿå‘½ç§‘学・医科学ã¸ã®å¿œç”¨æŠ€è¡“ã®ç ”究

 1秒間ã«æ•°ãƒšã‚¿å›ž(10^15)ã®è¨ˆç®—ã‚’è¡Œã†ã“ã¨ãŒã§ãる次世代スパコンãŒï¼•å¹´ä»¥å†…ã«ä¸–ç•Œã®æ§˜ã€…ã®ã¨ã“ã‚ã§ç¨¼å‹•ã—始ã‚る。(1)åŠã³(2)ã®ç ”究ã«ãŠã„ã¦ï¼Œã“ã®æ¬¡ä¸–代スパコンã«ã‚ˆã‚Šã€ã“ã‚Œã¾ã§è¨ˆç®—能力ã®ç‚¹ã‹ã‚‰å…¥ã‚Šè¾¼ã‚€ã“ã¨ãŒã§ããªã‹ã£ãŸé ˜åŸŸã®ãŸã‚ã®æŠ€è¡“開発ã«å–り組んã§ã„る。ãŸã¨ãˆã°éºä¼å­ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯æŽ¨å®šã§ã¯ã€è¨ˆç®—能力ã®é™ç•Œã‹ã‚‰ã€1000個程度ã®éºä¼å­æ•°ï¼ˆãƒ’トéºä¼å­æ•°ã®ï¼“%程度)ã«é™å®šã™ã‚‹å¿…è¦ãŒã‚ã£ãŸã€‚ã—ã‹ã—ã€ãƒ’トãªã©ã®ç”Ÿç‰©ã¯éºä¼å­ã«å¹³å‡ï¼•å€‹ä»¥ä¸Šã‚るプロモーターã”ã¨ã«éºä¼å­ã‚’使ã„分ã‘ã¦ç™ºç¾åˆ¶å¾¡ã‚’ã—ã¦ã„ã‚‹ã¨ã„ã†äº‹å®Ÿã‚’考ãˆã‚‹ã¨ã€å°‘ãªãã¨ã‚‚数万ノードã®ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯æŽ¨å®šã¨ãã®è§£æžã‚’å¯èƒ½ã¨ã™ã‚‹æŠ€è¡“ãŒå¿…è¦ã¨ãªã£ã¦ã„る。ç¾åœ¨ï¼Œã“ã®è¦æ¨¡ã«å¯¾å¿œã§ãる次世代スパコンã«ã‚ˆã‚‹å¤§è¦æ¨¡éºä¼å­ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯æŽ¨å®šæŠ€è¡“開発を行ã£ã¦ã„る。ã¾ãŸã€ç”Ÿå‘½ã‚·ã‚¹ãƒ†ãƒ ã®ãƒ¢ãƒ‡ãƒ«åŒ–ã«ãŠã„ã¦ã‚‚計算能力ã®å£ãŒã‚ã‚Šã€ãƒšã‚¿ã‚¹ã‚±ãƒ¼ãƒ«è¨ˆç®—ã®èƒ½åŠ›ã‚’用ã„ã‚‹ã“ã¨ã«ã‚ˆã‚Šã€å€‹äººã®è¦³æ¸¬ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ãªã©ã‚’一般ã®ãƒ‘スウェイãªã©ã®ã‚·ãƒŸãƒ¥ãƒ¬ãƒ¼ã‚·ãƒ§ãƒ³ãƒ¢ãƒ‡ãƒ«ã«é©åˆ‡ã«èžåˆã—ã€ãƒ¢ãƒ‡ãƒ«åŠã³ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã€ãã‚Œãžã‚Œå˜ç‹¬ã§ã¯å¾—られãªã„有用ãªæƒ…報を抽出ã™ã‚‹ã“ã¨ãŒå¯èƒ½ãªãƒ‡ãƒ¼ã‚¿é§†å‹•åž‹ã®å¤§è¦æ¨¡ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿è§£æžåŠã³ã‚·ãƒŸãƒ¥ãƒ¬ãƒ¼ã‚·ãƒ§ãƒ³æŠ€è¡“を開発ã—ã¦ã„る。世界ã§ã¯ã˜ã‚ã¦ã“ã®ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿åŒåŒ–技術をå°è¦æ¨¡ã®ãƒ‘スウェイモデリングã«ç”¨ã„ã€æˆæžœã‚’挙ã’ã‚‹ã“ã¨ãŒã§ããŸã€‚

ãƒã‚¤ã‚ªã‚¤ãƒ³ãƒ•ã‚©ãƒžãƒ†ã‚£ã‚¯ã‚¹ã®å›½éš›çš„推進事業

 上記ã®ç ”究活動ã®ä»–ã€æœ¬åˆ†é‡Žã¯ International Conference on Genome Informatics ã¨ã„ã†å›½éš›ä¼šè­°ã‚’1996年以æ¥11回ã«ã‚ãŸã‚Šé–‹å‚¬ã—ã¦ããŸã€‚ã¾ãŸã€ä¸»è¦ãªãƒã‚¤ã‚ªã‚¤ãƒ³ãƒ•ã‚©ãƒžãƒ†ã‚£ã‚¯ã‚¹ã«é–¢ã™ã‚‹å›½éš›ä¼šè­°ï¼ˆRECOMB, ISMB, ECCB, APBC, CSB, IBSBãªã©ï¼‰ã«ãŠã„ã¦ã€ãƒ—ログラム委員長や委員ã¨ã—ã¦ã“ã®åˆ†é‡Žã«ãŠã‘るリーダーシップをã¨ã£ã¦ã„る。

研究費ç²å¾—状æ³

委託研究

  1. 文部科学çœï¼šã€Œæ¬¡ä¸–代生命体統åˆã‚·ãƒŸãƒ¥ãƒ¬ãƒ¼ã‚·ãƒ§ãƒ³ã‚½ãƒ•ãƒˆã‚¦ã‚§ã‚¢ã®ç ”究開発ã€ï¼ˆå¤§è¦æ¨¡éºä¼å­ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯æŽ¨å®šã¨ãã®å¿œç”¨ï¼‰ï¼ˆç ”究代表者:宮野 悟)(平æˆ19年度:35,616åƒå††ï¼‰
  2. 文部科学çœï¼šã€Œå‹•çš„ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯æŠ½å‡ºã®ãŸã‚ã®ã‚¤ãƒ³ãƒ»ã‚·ãƒªã‚³ãƒ‘イプラインã®æ§‹ç¯‰ã€ï¼ˆç ”究代表者:宮野 悟)(平æˆ19年度:41,000åƒå††ï¼‰

科学研究費補助金

  1. ゲノム特定領域研究・生命システム:「イン・シリコ生命ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯æ§‹ç¯‰ã®ãŸã‚ã®éºä¼å­ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯æŽ¨å®šã¨ã‚·ãƒŸãƒ¥ãƒ¬ãƒ¼ã‚·ãƒ§ãƒ³ã€ï¼ˆç ”究代表者:宮野 悟)(平æˆ17年度~19年度:55,900åƒå††ï¼‰
  2. 基盤研究(B):「éºä¼å­ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã«ã‚ˆã‚‹å‰µè–¬ã‚¿ãƒ¼ã‚²ãƒƒãƒˆãƒ‘スウェイã®ã‚¤ãƒ³ãƒ»ã‚·ãƒªã‚³æŽ¢ç´¢æŠ€è¡“ã€ï¼ˆç ”究代表者:宮野 悟)(平æˆ18年度~20年度:14,700åƒå††ï¼‰
  3. 基盤研究(B):「プロテオーム解æžãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã‹ã‚‰ã®çŸ¥è­˜ç™ºè¦‹ã«é–¢ã™ã‚‹æƒ…報科学的基礎付ã‘ã€ï¼ˆç ”究代表者:宮野 悟)(平æˆ15年度~17年度:16,500åƒå††ï¼‰
  4. èŒèŠ½ç ”究:「確率ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ãƒ¢ãƒ‡ãƒ«ã«åŸºã¥ã高次情報ãƒã‚¤ã‚ªãƒžãƒ¼ã‚«ãƒ¼æŽ¢ç´¢å¤šå¤‰é‡çµ±è¨ˆæ‰‹æ³•ã®é–‹ç™ºã€ï¼ˆç ”究代表者:井元 清哉)(平æˆ20年度~平æˆ22年度:3,200åƒå††ï¼‰
  5. 若手研究(B):「動的パスウェイã¸ã®é«˜æ©Ÿèƒ½ãƒšãƒˆãƒªãƒãƒƒãƒˆã‚’用ã„ãŸè¦–覚的モデル検査手法ã®é–‹ç™ºã¨é©ç”¨ã€ï¼ˆç ”究代表者:長﨑 正朗)(平æˆ20年度~平æˆ21年度:3,400åƒå††ï¼‰
  6. 若手研究(A):「超高次元複雑ヘテロデータ解æžã«åŸºã¥ã柔軟ã‹ã¤é ‘å¥ãªéžç·šå½¢çµ±è¨ˆçš„モデリングã®ç ”究ã€ï¼ˆç ”究代表者:井元 清哉)(平æˆ20年度~平æˆ22年度:15,800åƒå††ï¼‰
  7. 若手研究(A):「ベイズ型統計モデルã«ã‚ˆã‚‹è¤‡é›‘異種形å¼ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿è§£æžã®ç†è«–・方法ã®ç ”究ã€ï¼ˆç ”究代表者:井元 清哉)(平æˆ17年度~平æˆ19年度:17,800åƒå††ï¼‰
  8. 若手研究(B):「高機能ペトリãƒãƒƒãƒˆã«ã‚ˆã‚‹å‹•çš„生命パスウェイモデルã®çŸ¥è¦šçš„デãƒãƒƒã‚°æ‰‹æ³•ã®é–‹ç™ºã¨é©ç”¨ã€ï¼ˆç ”究代表者:長﨑 正朗)(平æˆ18年度~平æˆ19年度:3,300åƒå††ï¼‰
  9. 若手研究(B):「状態空間モデルã«åŸºã¥ã高次元時系列データ解æžã®ç†è«–ã¨æ–¹æ³•è«–ã®ç ”究ã€ï¼ˆç ”究代表者:å‰ç”°äº®ï¼‰ï¼ˆå¹³æˆ18年度:1,700åƒå††ï¼‰
  10. 若手研究(B):「高次元データã«ã‚ˆã‚‹è¤‡é›‘éžç·šå½¢ç¾è±¡è§£æ˜Žã®ãŸã‚ã®æŸ”軟ãªçµ±è¨ˆãƒ¢ãƒ‡ãƒ«ã®ç†è«–・方法ã®ç ”究ã€ï¼ˆç ”究代表者:井元 清哉)(平æˆ15年度~16年度:3,400åƒå††ï¼‰
  11. 若手研究(B):「文字列属性をå«ã‚€æŒç¶šæ€§ãƒ‡ãƒ¼ã‚¿ã‹ã‚‰ã®ãƒ‘ターン発見アルゴリズムã«é–¢ã™ã‚‹ç ”究ã€ï¼ˆç ”究代表者:å‚内 英夫)(平æˆ15年度~16年度:3,200åƒå††ï¼‰

æ°‘é–“ä¼æ¥­ã¨ã®å…±åŒç ”究

  1. æ ªå¼ä¼šç¤¾ã‚¸ãƒ¼ã‚¨ãƒŒã‚¢ã‚¤ï¼šã€Œå¤§è¦æ¨¡éºä¼å­ãƒãƒƒãƒˆãƒ¯ãƒ¼ã‚¯ã®æŽ¨å®šã«é–¢ã™ã‚‹ç ”究ã€ï¼ˆç ”究代表者:宮野 悟)(平æˆ14年度~19年度:6,000åƒå††ï¼‰
  2. æ ªå¼ä¼šç¤¾ã‚¸ãƒ¼ã‚¨ãƒŒã‚¢ã‚¤ï¼šã€Œç´°èƒžã‚·ã‚¹ãƒ†ãƒ ã®ãƒ¢ãƒ‡ãƒ«åŒ–åŠã³ã‚·ãƒŸãƒ¥ãƒ¬ãƒ¼ã‚·ãƒ§ãƒ³æ–¹å¼ã®ç ”究ã€ï¼ˆç ”究代表者:宮野 悟)(平æˆ15年度~19年度:2,500åƒå††ï¼‰
  3. BIOBASE GmbH:「Integration of BIOBASE Databased to Cell System Markup Languageã€ï¼ˆç ”究代表者:宮野 悟)(19年度:US$ 10,000)
moreinfo.txt · 最終更新: 2011/03/21 09:52 (外部編集)