• 11/04/01 : Paul Sheridan さんが、特任研究員として着任しました。
• 10/12/01 : オープンソース大規模遺伝子ネットワーク推定ソフトウェア SiGN-SSM を公開いたしました．詳しくは SiGN-SSM のウェブページをご覧ください．
• 10/11/26 : Alok Sharma さんが、JSPS外国人特別研究員として着任しました。
• 10/10/01 : Solevieva Elena さん、茅野光範さん、白石友一さんが、特任研究員として着任しました。
• 10/08/01 : 片山琴絵さんが、特任研究員として着任しました。
• 10/07/02 : 学術支援専門職員 (非常勤) を募集します。詳しくは こちらをご覧ください。（募集は終了しました）
• 10/07/01 : バイオインフォマティクスの iPad アプリケーションの開発をスタートしました。
• 10/07/01 : 特任研究員 (常勤) を募集します。詳しくは こちらをご覧ください。（募集は終了しました）
• 10/06/01 : Georg Tremmel さんが、GCOE特任研究員として着任しました。
• 10/04/15 : 特任研究員（常勤）の公募情報を掲載しました。詳しくはこちらをご覧ください。（本公募は締め切りました。多数のご応募ありがとうございました）
• 10/04/01 : 川野 秀一さんが、JSPS特別研究員として着任しました。
• 10/04/01 : 新井田 厚司さんが、JSPS特別研究員として着任しました。
• 10/04/01 : Chen Liさんが、JSPS外国人特別研究員として着任しました。
• 10/02/22 : The Second NUS-UT Workshop on Computational Systems Biology (期間：2010年2月22，23日．場所：東京大学医科学研究所2号館）が開催されます．Program
• 10/02/18 : 本研究室と慶應義塾大学漢方医学センターの共同研究で開発している漢方診断支援システムが Medical Tribune (医学新聞) 2月18日号にて紹介されました。
• 10/01/07 : 空港検疫すり抜け９割…新型インフル感染者 – 本研究室にて計算により予測した結果が讀賣新聞から報道されました。昨年４月の発生から５月までに国内の空港検疫をすり抜けた新型インフルエンザ感染者は、最大で入国を防げた感染者の約１４倍に上っていたことが、東京大学などの推計でわかった・・・配信記事へのリンク
• 09/12/01 : 「行政刷新会議　スパコン騒動を振り返る」（宮野　悟）– ＭＲＩＣ by 医療ガバナンス学会から配信されました。【新たな学問分野の芽生え】東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターDNA情報解析分野。名称からは国民の生活からはかけ離れ、研究者が自分の夢を追い求めるだけの分野に見えるが、実は国民の生命・健康に大きく貢献しうる研究を行っている・・・配信記事へのリンク
• 09/08/11 : 遺伝子ネットワーク推定に用いられる最適ベイジアンネットワーク探索のための新しいアルゴリズムを発明し，ヒトゲノム解析センターのスーパーコンピュータを用いて，世界記録となる３０ノードの最適ベイジアンネットワークの構造探索に成功しました．詳しくは遺伝子ネットワーク推定プログラム SiGN のページをご覧ください．
• 09/04/16 : Masao Nagasaki, Ayumu Saito, Atsushi Doi, Hiroshi Matsuno, Satoru Miyano: “Foundations of Systems Biology: Using Cell Illustrator and Pathway Databases” (2009) がSpringerから出版されました。Amazonへのリンク

• 08/12/26 : ホームページをリニューアルしました。
• 08/12/01 : 新井田 厚司さんが、グローバルCOE特任研究員として着任しました。
• 08/10/25 : Uri Alon著（倉田博之・宮野悟（訳））「システム生物学入門－生物回路の設計原理－」が共立出版から出版されました。Amazonへのリンク
• 08/05/01 : ホームページを公開しました。
• 08/03/01 : ホームページをリニューアルしました。
• 07/07/15 : 土井淳・長崎正朗・斉藤あゆむ・松野浩嗣・宮野悟「システム生物学がわかる！　セルイラストレータを使ってみよう」が共立出版より出版されました。Amazonへのリンク

この研究室は，生命をシステムとして理解し，それを創薬や治療へとつなげていくために必要なシステムバイオロジーの計算戦略を構築することをミッションとしています．生命科学は超多次元・超ヘテロな大規模データを出しつつあります．そのためのデータ解析技術と生体生命シミュレーション技術の融合を行うことにより，情報の抽出，構造化，そしてシミュレーションを行い，医科学・生命科学の新しい展開に寄与します．スーパーコンピュータシステムはそのために不可欠のインフラで，このシステムを用いて次の３つのテーマを柱に研究を行っています．

マイクロアレイを用いて得られる遺伝子発現データと様々のゲノムワイドな遺伝子関連情報（タンパク質相互作用，タンパク質細胞内局在情報など）使って遺伝子ネットワークを推定するための種々の方式，特に，ベイジアン・ネットワーク、状態空間モデル，ブーリアン・ネットワークなどを基にして，数千個の遺伝子からなる遺伝子ネットワークのモデル化・推定・解析の研究を行った．計算によって推定された遺伝子ネットワークを用いて薬剤標的遺伝子の探索や病気や薬剤応答に関する遺伝子ネットワークの探索研究で成果を得ている．その一つに，HUVECを用いて351の遺伝子をsiRNAでノックダウンしたデータから推定したネットワークで，TNF-αで刺激したHUVECにおいて炎症とアポトーシスを制御しているハブ遺伝子を見つけている．

図１：351の遺伝子の siRNA ノックダウンによるDNAマイクロアレイ解析データから計算されたヒト血管内皮細胞遺伝子ネットワーク．TNF-処理のもとで，炎症とアポトーシスを制御している新たなハブ遺伝子群．

遺伝子制御情報やシグナル伝達などの生命システムに関する知識やデータを電子的に整理する技術及び，それに基づいてシミュレーション可能なモデルを構築する技術を開発することで遺伝子機能や生命システムの解析を可能とする情報技術を開発した．その成果はCell Illustrator というパスウェイのモデリングとシミュレーションのためのソフトウェアとして商用化されている．また同時に，生命システム情報を記述するための言語としてCSML (Cell System Markup Language)(http://www.csml.org/)を開発し，このCell Illustratorに用いている．

図２：Cell Illustrator上のパスウェイモデルと，そのシミュレーションモジュールを用いて初期条件を様々に変えたときの動きを2次元及び3次元プロットしたもの．

Foundations of Systems Biology: Using Cell Illustrator and Pathway Databases (Springer, 2009)

システム生物学がわかる！　セルイラストレータを使ってみよう（共立出版，2009）

１秒間に数ペタ回(10¹⁵)の計算を行うことができる次世代スパコンが2011年までに世界の様々のところで稼動し始める．この次世代スパコンにより，これまで計算能力の点から入り込むことができなかった領域のための技術開発に取り組んでいる．現在，数万ノード規模に対応できる次世代スパコンによる大規模遺伝子ネットワーク推定技術開発を行っている．これにより，ヒト全遺伝子を対象としたネットワーク解析を目指している．また，生命システムのシミュレーションモデルおいても計算能力の壁があり，ペタスケール計算の能力を用いることにより，個人の観測データをパスウェイなどのシミュレーションモデルに適切に融合するシミュレーション技術を開発している．

図３．大規模な生体分子のネットワークをデータから推定する技術を開発し，それを「地図」として薬剤・疾患の関与する遺伝子群を探索．次に，適度なサイズのネットワークにフォーカスを絞り込み，この「一般」のモデルに「個」のデータを合理的にフィットさせる生命体データ同化技術を適用する．

研究室名: 東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター
DNA情報解析分野
シークエンスデータ情報処理分野
住所: 〒108-8639 東京都港区白金台 4-6-1
総合研究棟8F (DNA情報処理分野)
ヒトゲノム解析センター4F (シークエンスデータ情報処理分野)
電話番号: +81-3-5449-5615
Fax番号: +81-3-5449-5442
Email: miyanolab-jimu at edelweiss．hgc．jp