第7回データ解析融合ワークショップ

発表内容

1. 研究の進捗状況の報告
2. ソフトウェアの開発状況の報告　
   • ソフトウェアの名称及びその機能
   • ペタスケールで実行した場合どのような世界が開けるか
3. Bio Super Computing 2008の対応について

20081128第７回データ解析融合wsプログラム.doc

次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発の状況についての報告 宮野　悟

研究の進捗状況の報告及び今後の進め方

大規模遺伝子ネットワーク推定とその応用

1. 宮野　悟　進行状況の概説
2. 玉田嘉紀，井元清哉，長崎正朗，宮野　悟「ベイジアンネットワークによる大規模遺伝子ネットワーク推定ソフトウェアの開発状況とシグナル伝達経路探索への応用事例」
3. 島村徹平，井元清哉，山口　類，長崎正朗，宮野　悟「大規模遺伝子ネットワーク推定ソフトウェアの開発状況について」
4. 後藤典子，他「遺伝子ネットワーク推定及びデータ同化技術開発のための実験データ取得状況について」
5. 山口　類，長崎正朗，山内麻衣，吉田　亮，中村和幸，島村徹平，井元清哉，後藤典子，樋口知之，宮野　悟「生命体データ同化技術開発用パスウェイモデル構築および諸手法の開発」

生命体シミュレーションのためのデータ同化技術の開発

1. 樋口知之　進行状況の概説
2. 吉田　亮（樋口知之　代理発表）「2008-09 Program on Sequential Monte Carlo Methods（SAMSI）の現地報告」
3. 中村　和幸，他「ペタスケールコンピューティングに向けた超多数粒子フィルタの実装：遺伝子ネットワークモデルのパラメータ推定への適用」
4. 斎藤　正也，他「並列演算アクセラレータを活用した粒子フィルタ計算の高速化：予備実験と研究計画」

休憩

タンパク質間相互作用ネットワークの推定とその応用に関する研究

1. 秋山　泰　進行状況の概説
2. 秋山泰，松崎由理, 松崎裕介，佐藤智之「 タンパク質ドッキングシステム”MegaDock?”の開発状況」
3. 松崎由理，松崎裕介，佐藤智之，秋山泰「All-to-All ドッキングとクラスタリングによるPPI検出システムの開発とパスウェイ解析への応用– 走化性系への応用の進捗報告および今後の開発予定 」

大規模ゲノム多型と表現型データを関連付ける新規アルゴリズムの開発と，妥当性，有用性の検討

1. 鎌谷直之　進行状況の概説
2. 藤本明洋，角田達彦「Application of a forward simulation to human resequence data for inferring population history and selective pressure」
3. 中道礼一郎，角田達彦「遺伝子間相互作用を考慮した複数SNPの高速ゲノムワイド関連解析」
4. 三澤計治，他「ハプロタイプ関連解析を行うためのパーミュテーション検定ソフトウェアの作成」

閉会