新たな成果やイベント情報を掲載します。
【フォーマットと例】
* 08/11/15 : データ同化技術に関する論文が発表されました。これはソフトウェアASiMに実装されていま す。[[http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/24/22/2592|Yoshida, R., et al. Bioinformatics. 24(22):2592-2601, 2008.]]
論文などに発表した研究成果を記載します。
【フォーマットと例】
===== ペタスケールコンピューティングに向けた超多粒子フィルタの実装 =====
09/01/06
{{nakamura_psb09.pdf|Nakamura, K., Yoshida, R., Nagasaki, M., Miyano, S., Higuchi, T. Parameter estimation
of in silico biological pathways with particle filtering towards a petascale computing. Pacific Symposium
on Biocomputing. 14. In press.}} {{p-71nakamura.pdf|[BSCS2008ポスター発表]}}
データ同化手法の一種である粒子フィルタは並列性の高い手法である.その特性を生かし,超多数のサンプルを用いて
遺伝子ネットワークモデルのパラメータ推定を行った.その結果,従来の知見よりも遥かに多くのパラメータについて,
妥当な推定が可能であることを実験的に示した.同時に,アルゴリズムの検討と簡易的な時間見積もりを行い,ペタス
ケールコンピューティングにおいて,妥当な計算時間で結果が得られることを確認した.
これはソフトウェア[[software#開発コード:PF|PF]]に実装されます.
{{ 100millions_particles.png?600 }}
図:10万粒子(右)と1億粒子(左)のそれぞれの場合の初期状態推定の結果.1億粒子の方は適切に滑らかに変化し
ており,適切な分布の推定が得られているが,10万粒子では滑らかに変化せず,分布としての評価に問題があることが
わかる.
開発ソフトウェアについて記載します。