====== ホームページの更新方法 ======

  * ユーザ自身でログインし、追加・変更等を行ってください。ユーザの関係するすべてのページの更新が可能です。
  * DokuWikiで記述します。[[http://www.dokuwiki.org/ja:syntax|＞＞＞DokuWiki文法]]
  * da_admin @ edelweiss.ims.u-tokyo.ac.jp に追加・変更情報を送っていただければ、管理者のほうでも更新します。また、トラブルや質問などについてもこのe-mailアドレスまでご連絡ください。

====== 新着情報の記載フォーマット ======

新たな成果やイベント情報を掲載します。

【フォーマットと例】\\
<code>
   *  08/11/15 : データ同化技術に関する論文が発表されました。これはソフトウェアASiMに実装されていま
す。[[http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/24/22/2592|Yoshida, R., et al. 
Bioinformatics. 24(22):2592-2601, 2008.]]
</code>

  * 日付：YY/MM/DD : 特定の日の場合。YY/MM/DD-DD : 期間の場合（月をまたぐとき：YY/MM/DD-MM/DD、年をまたぐとき：YY/MM/DD-YY/MM/DD）（例：08/11/15）
  * 内容：１～２行。開発ソフトウェアとの関連を記載します。（例：データ同化技術に関する論文が発表されました。これはソフトウェアASiMに実装されています。）
  * <nowiki>URL: [[リンク先|論文名など]]（http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/24/22/2592|Yoshida, R., et al. Bioinformatics. 24(22):2592-2601, 2008.]]）。</nowiki>
  * <nowiki>URLがない場合は、完全な論文情報を記載してください（例：Yoshida, R., Nagasaki, M., Yamaguchi, R., Imoto, S., Miyano, S., Higuchi, T. Bayesian learning of biological pathways on genomic data assimilation. Bioinformatics. 24(22):2592-2601, 2008.）</nowiki>
  * 日付の新しいものが上になるように記載します。
  * 新着情報が多くなった場合は、宮野が適宜編集し、「過去の情報一覧」へ移行します。






====== 研究成果の記載フォーマット ======

論文などに発表した研究成果を記載します。

【フォーマットと例】\\
<code>
===== ペタスケールコンピューティングに向けた超多粒子フィルタの実装 =====
09/01/06

{{nakamura_psb09.pdf|Nakamura, K., Yoshida, R., Nagasaki, M., Miyano, S., Higuchi, T. Parameter estimation
of in silico biological pathways with particle filtering towards a petascale computing. Pacific Symposium
on Biocomputing. 14. In press.}} {{p-71nakamura.pdf|[BSCS2008ポスター発表]}}

データ同化手法の一種である粒子フィルタは並列性の高い手法である．その特性を生かし，超多数のサンプルを用いて
遺伝子ネットワークモデルのパラメータ推定を行った．その結果，従来の知見よりも遥かに多くのパラメータについて，
妥当な推定が可能であることを実験的に示した．同時に，アルゴリズムの検討と簡易的な時間見積もりを行い，ペタス
ケールコンピューティングにおいて，妥当な計算時間で結果が得られることを確認した．
これはソフトウェア[[software#開発コード：PF|PF]]に実装されます.

{{ 100millions_particles.png?600 }}
図：10万粒子（右）と１億粒子（左）のそれぞれの場合の初期状態推定の結果．１億粒子の方は適切に滑らかに変化し
ており，適切な分布の推定が得られているが，10万粒子では滑らかに変化せず，分布としての評価に問題があることが
わかる.
</code>

  * 日付：YY/MM/DD : （例：09/01/06）
  * 題目：１～２行。論文題目をそのまま記載するのではなく、日本語で簡潔に成果を表現する。
  * 論文名等：著者名・論文名・論文誌などの完全情報をリンク情報とともに記載する。
  * 内容：成果の概要を開発ソフトウェアとの関連をつけて記載する。成果に関する図などを付けてわかりやすくする。
  * 日付の新しいものが上になるように記載する。






====== 開発ソフトウェアの記載フォーマット ======

開発ソフトウェアについて記載します。

  * 開発コード名：（例）SiGN
  * ソフトウェアの簡潔な記述：（例）**ベイジアンネットワークによる大規模遺伝子ネットワーク推定**
  * ソフトウェアの説明：どのようなプログラムが開発されているのかを説明します。



====== 研究課題の詳細フォーマット ======

  * 研究の目的と意義（ぺたスケールの計算の必要性を含む）
  * 開発されるソフトウェアの機能
  * 何ができるようになるのか
  * 将来はどのように利用されるのか
  * 各年度の業務計画と実施内容（成果）
       * 平成20年度業務計画
       * 平成20年度実施内容（成果）（平成20年度の成果報告書に基づいて作成）
       * 平成19年度業務計画
       * 平成19年度実施内容（成果）（平成19年度の成果報告書に基づいて作成）