http://dnagarden.hgc.jp/ja/ 2012-05-18T13:11:39+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/ http://dnagarden.hgc.jp/ja/://dnagarden.hgc.jp/ja/lib/tpl/arctic/images/favicon.ico text/html 2011-03-21T09:52:04+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/%E3%82%A2%E3%82%AF%E3%82%BB%E3%82%B9?rev=1300668724&do=diff * 記号付きリスト * 記号付きリスト * 記号付きリスト 第二見出し * 記号なしリスト * 記号なしリスト * 記号なしリスト 第三見出し 太字 斜体 下線 打消線 第四見出し 第五見出し text/html 2011-03-21T09:52:04+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/%E3%83%A1%E3%83%B3%E3%83%90%E3%83%BC?rev=1300668724&do=diff * 記号付きリスト * 記号付きリスト * 記号付きリスト 第二見出し * 記号なしリスト * 記号なしリスト * 記号なしリスト 第三見出し 太字 斜体 下線 打消線 第四見出し 第五見出し text/html 2011-03-21T09:52:03+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%AF%E9%9B%86?rev=1300668723&do=diff * 記号付きリスト * 記号付きリスト * 記号付きリスト 第二見出し * 記号なしリスト * 記号なしリスト * 記号なしリスト 第三見出し 太字 斜体 下線 打消線 第四見出し 第五見出し text/html 2008-03-21T13:46:06+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/%E4%B8%80%E8%A6%A7?rev=1206074766&do=diff 2008 期間場所第5回データ解析融合ワークショップ03/14パレスビル 2007 期間場所第4回データ解析融合ワークショップ2007/12/28東京大学医科学研究所総合研究棟8階セミナー室次世代生命体統合シミュレーション研究開発プロジェクトシンポジウム200712/25MY PLAZAホール第3回データ解析融合ワークショップ08/24統計数理研究所第2回データ解析融合ワークショップ06/15東京大学医科学研究所総合研究棟8階セミナー室第1回データ解析融合ワークショップ04/06東京大学医科学研究所総合研究棟8階セミナー室… text/html 2011-03-21T09:52:03+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/%E6%A6%82%E8%A6%81?rev=1300668723&do=diff * 記号付きリスト * 記号付きリスト * 記号付きリスト 第二見出し * 記号なしリスト * 記号なしリスト * 記号なしリスト 第三見出し 太字 斜体 下線 打消線 第四見出し 第五見出し text/html 2008-01-23T00:44:34+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/%E7%A0%94%E7%A9%B6?rev=1201016674&do=diff * 記号付きリスト * 記号付きリスト * 記号付きリスト 第二見出し * 記号なしリスト * 記号なしリスト * 記号なしリスト 第三見出し 太字 斜体 下線 打消線 第四見出し 第五見出し text/html 2008-03-03T01:55:04+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/2005_link?rev=1204476904&do=diff * PSB 2005 Pacific Symposium on Biocomputing January 4-8, 2005 The Fairmont Orchid, Big Island of Hawaii * APBC2005 The Third Asia-Pacific Bioinformatics Conferences January 17-21, 2005, Singapore * RECOMB 2005 The Ninth Annual International Conference on Research in Computational Molecular Biology text/html 2011-03-21T09:52:05+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/2006_link?rev=1300668725&do=diff * PSB 2006 The Eleventh Pacific Symposium on Biocomputing January 3-7, 2006, Grand Wailea Resort on Maui * APBC2006 The Fourth Asia Pacific Bioinformatics Conference 13-16 Feb, 2006, Taiwan * SAC 2006 The 21st Annual ACM Symposium on Applied Computing text/html 2011-03-21T09:52:05+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/2007_link?rev=1300668725&do=diff * GIW 2007 The 18th International Conference on Genome Informatics Matrix, 30 Biopolis Street, Singapore, December 3-5, 2007 * RECOMB Satellite Conference on Systems Biology November 30 - December 1, 2007 University of California, San Diego * PRIB 2007 text/html 2011-03-21T09:52:06+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/2008_link?rev=1300668726&do=diff * CMSB 2008 International Conference on Computational Methods in Systems Biology October 12 - 15, 2008, Rostock, Germany * ISMB 2008 The 16th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology July 19 - 23, 2008, Toronto, Canada text/html 2012-05-08T10:04:03+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/access?rev=1336439043&do=diff ヒトゲノム解析センターDNA情報解析分野は，東京大学医科学研究所（〒108-8639 東京都港区白金台４－６－１）の総合研究棟の８階にあります． 最寄り駅からのアクセス * A　東京メトロ南北線・都営三田線白金台駅下車。 text/html 2010-02-11T17:05:00+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/conferences?rev=1265875500&do=diff Conferences * 2010 GIW 2010 (21st International Conference on Genome Informatics) December 16-18, 2010. Hangzhou, China CMSB2010 (8th Conference on Computational Methods in Systems Biology ) September 29 - October 1, 2010. Trento, Italy BSB2010 (V Brazilian Symposium on Bionformatics) August 30 - September3, 2010. Rio de Janeiro, Brazil text/html 2010-04-28T14:33:41+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/contact?rev=1272432821&do=diff 〒108-8639 東京都港区白金台 4-6-1東京大学医科学研究所総合研究棟8FPhone03-5449-5615Fax03-5449-5442E-mailmiyanolab-jimu at edelweiss．hgc．jp text/html 2008-02-22T14:42:59+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/d_home?rev=1203658979&do=diff 　　「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」におけるデータ解析融合プロジェクトを支援するためのWikiページ　 text/html 2011-03-21T09:52:05+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/education?rev=1300668725&do=diff * Genetics Video by Roche text/html 2008-03-12T16:53:16+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/entrance?rev=1205308396&do=diff * さらに詳しい情報はこちら text/html 2008-05-30T06:00:24+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/gakusei_no_ichinichi?rev=1212094824&do=diff 研究室のある一日はこんな感じです * 大学院２年生のAさんの場合 時間内容8:00起床、朝食10:00～配列、発現情報の解析-GeneSpringやBioConductorを用いて13:00～14:00火曜日は研究室の皆で白金台ランチ16:00～プロジェクトメンバーと研究のディスカッション16:30残った解析を再開23:30帰宅、夜食25:00就寝 * 大学院博士３年の B さんの場合 text/html 2008-05-22T19:35:53+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/gakusei_no_nyuugaku?rev=1211452553&do=diff 宮野研究室に入りたい学生の方へ (入試情報等) 学生として当研究室にて指導 (修士号・博士号の取得) を受けるには以下の方法があります。 興味がありましたら、お問い合わせください。 text/html 2008-05-23T13:09:15+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/gakusei_no_seikatsuhi?rev=1211515755&do=diff 自宅から通う大学院２年生 収入内訳支出内訳80,000円アルバイトとか20,000円食費とか0円研究補助とか30,000円スポーツとか (小計)円　(小計)円　残高30,000円貯金とか 自宅から通う博士課程１年生 支出内訳10,000円昼食代，おやつなど3,000円携帯電話料金7,000円交際費など(小計)20,000円　 B 君 収入内訳支出内訳120,000 円奨学金30,000 円食費とか80,000 円バイトなど 170,000 円食費以外 (家賃など)??,??? 円??? ??,??? 円??? (小計) 200,000 円　(小計) 200,000 円節約生活　残高??? 円貯金とか秘密の収入で増えたり減ったり… text/html 2011-06-28T12:19:58+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/home?rev=1309231198&do=diff [メンバー] * 11/04/01 : Paul Sheridan さんが、特任研究員として着任しました。 * 10/12/01 : オープンソース大規模遺伝子ネットワーク推定ソフトウェア SiGN-SSM を公開いたしました．詳しくは SiGN-SSM のウェブページをご覧ください． * 10/11/26 : Alok Sharma さんが、JSPS外国人特別研究員として着任しました。 * 10/10/01 : Solevieva Elena さん、茅野光範さん、白石友一さんが、特任研究員として着任しました。 * 10/08/01 : 片山琴絵さんが、特任研究員として着任しました。 * 10/07/02 : 学術支援専門職員 (非常勤) を募集します。詳しくは こちらをご覧ください。（募集は終了しました） * 10/07/01 : バイオインフォマティクスの iPad アプリケーションの開発をスタートしました。 * 10/07/01 : 特任研究員 (常勤) を募集します。詳しくは こちらをご覧ください。（募集は終了しました） * … text/html 2008-03-25T10:28:50+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/hotel?rev=1206408530&do=diff 白金台駅からの距離宿泊施設名住所/Phone/Fax詳細約0.412kmシェラトン都ホテル東京港区白金台1-1-50Phone:03-3447-3111 Fax:3447-3133詳細約0.769kmウィークリーマンション東京白金港区白金5-10-15Phone:03-3443-1711 Fax:03-3443-5394詳細約1.057kmウェスティンホテル東京目黒区三田1-4-1Phone:03-5423-7000詳細約1.076kmグランドプリンスホテル新高輪港区高輪3-13-1Phone:03-3442-1111 Fax:03-3444-1234詳細約1.127kmホテルワトソン品川区上大崎2-26-5Phone:03-3490-5566 Fax:03-3490-5968詳細約1.137kmホテル プリンセスガーデン品川区上大崎2-23Phone:03-3779-1010 Fax:03-3779-4070詳細約1.137km高輪東武ホテル港区高輪4-7-6Phone:03-3447-0111 Fax:03-3447-0120詳細約1.147kmザ・プリンス… text/html 2012-05-15T11:04:57+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/jinzai?rev=1337047497&do=diff 現在、募集は行なっておりません。 締め切った人材募集 * 学術支援 (専門) 職員 (非常勤) 募集のお知らせ * 学術支援 (専門) 職員 (常勤、非常勤) 募集のお知らせ * 学術支援 (専門) 職員 (非常勤) 募集のお知らせ * 「システムがん」特任研究員 (常勤) 募集のお知らせ * 「システムがん」学術支援専門職員 (非常勤) 募集のお知らせ * 20100415 特任研究員（常勤）の公募 * 学術支援専門職員の募集（非常勤職員：1名）… text/html 2008-12-21T12:59:53+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/links?rev=1229831993&do=diff リンク集 Academic Societies * JSBi Japanese Society for Bioinformatics * AASBi Association of Asian Societies for Bioinformatics * ISCB International Society for Computational Biology text/html 2009-06-12T20:45:34+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/lunch?rev=1244807134&do=diff 店名 平均予算 (ランチ) アクセス 詳細槐樹[懐石料理]2625円～白金台駅２番出口から徒歩1分詳細OZAWA[フレンチ]3670円～白金台駅１番出口から徒歩3分　京料理京ゆば麺うどん さくらさくら[家庭料理]840円～白金台駅から徒歩5分詳細PER REGALO[イタリアン]1000円～白金台駅１番出口から徒歩1分詳細Boschtta[イタリアン]3800円～白金台駅から徒歩3分詳細CAFE LA BOHEME 白金[イタリアン]1000円白金台駅１番出口から徒歩4分詳細白金亭[中華]1800円～白金台駅1番出口から徒歩3分詳細ブルーポイントシロガネ[フレンチ]1000～2800円白金台駅の1番出口から徒歩3分 バーミヤン白金台店[ファミリーレストラン]900～1200円白金台駅からすぐ　CRE - OR[フレンチ]3000円白金台駅から徒歩3分詳細Il grappolo da Miura[イタリアン]3000円白金台駅から徒歩5分詳細食文化サロン 白金劉安[中華]2000～5000円白金台駅1番出口を左へ、2つ目の白金台五丁目信号を横断し直進160m。詳細利庵[うどん、そば、丼]… text/html 2012-04-19T15:24:39+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/members?rev=1334816679&do=diff DNA情報解析分野教授宮野　悟准教授井元　清哉助教島村　徹平技術職員斉藤　あゆむ特任助教新井田　厚司学振外国人特別研究員李　晨学振外国人特別研究員Alok Sharma特任研究員尾上　健太郎特任研究員片山　琴絵特任研究員白石　友一特任研究員Paul SheridanGCOE特任研究員Georg Tremmel学術支援専門職員田中　洋子学術支援専門職員池田　恵美学術支援専門職員千葉　健一学術支援専門職員上村　光弘教務補佐員関谷　弥生秘書ブレクト（富安）彩子秘書鈴木　麻子博士課程3年襲田　勉博士課程3年安田　知弘修士課程2年長谷川　嵩矩修士課程1年臼山　直人修士課程1年片岡　悠人修士課程1年綾田　瑛美シークエンスデータ情報処理分野教授宮野　悟 (兼務)准教授渋谷　哲朗講師山口　類博士課程3年Sahli Mohammed修士課程2年小野寺　拓修士課程2年Chen Jing修士課程2年橋本　篤志修士課程1年丸山　裕馬修士課程1年大槻　知彦… text/html 2011-03-21T09:52:05+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/members_e?rev=1300668725&do=diff * Satoru Miyano -- Professor; Dr. Sc. * Seiya Imoto -- Associate Professor * Masao Nagasaki -- Research Associate * Rui Yamaguchi -- Project Lecturer * Ayumu Saito -- Technician * Euna Jeong -- Research Assistant * Chen Li -- Research Assistant * Teppei Shimamura -- Post Doctoral Fellow * André Fujita -- Post Doctoral Fellow * Jinhwan Do -- JSPS Postdoctoral Fellow * Ayako Brecht -- Secretary * Asako Suzuki -- Secretary * Emi Ikeda -- Technical Staff * Kaz… text/html 2008-12-25T08:57:39+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/moreinfo?rev=1230163059&do=diff 　本分野は、その創設時にはゲノム計画から生産されるDNAやタンパク質の配列情報などを解析するための計算科学的方法論及び技術を開発することを目的としていた。しかし、21世紀になり医科学・生命科学はゲノム研究を基礎として配列情報だけでなく病気や生命システムに関する超多次元・超ヘテロな大規模データを日常的に生み出すようになり、病気や生命をゲノムからシステムレベルまで理解し、それを創薬や治療へとつなげていくための計算戦略・情報マネージメント戦略の構築及びそのための要素情報技術の開発が、ゲノムを基盤とした研究に不可欠の課題となった。この課題のため、本分野はシステム生物学・医科学といわれる領域で、以下の３項目の研究を展開し、またバイオインフォマティクスの推進のための活動を行ってきた。こうした研究は、ヒトゲノム解析センターに設置されているスーパーコンピュータシステム（以下、スパコンと略す）を利用することではじめて遂行可能となった。… text/html 2011-03-21T09:52:02+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/newpage?rev=1300668722&do=diff kkkkkkkkkkkkkddddddddddd text/html 2010-03-28T19:32:47+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/overview?rev=1269772367&do=diff スタッフ 次のスタッフが学生指導を行います。 * 宮野 悟 (みやの さとる) 教授 本研究室の責任者、情報科学、バイオインフォマティクス、システム生物学 * 井元 清哉 (いもと せいや) 准教授 統計科学、バイオインフォマティクス、生命システムデータの統計的解析、システム生物学 * 長﨑 正朗 (ながさき まさお) 助教 情報科学、バイオインフォマティクス、システム生物学アルゴリズム、ソフトウェア開発、 * 山口 類 (やまぐち るい) 講師 統計科学、バイオインフォマティクス、生命システムの計算科学 * 玉田 嘉紀 (たまだ よしのり) 特任助教 情報科学、バイオインフォマティクス、アルゴリズム、統計解析、システム生物学 * 島村 徹平 (しまむら てっぺい) 特任助教 統計科学、バイオインフォマティクス、大規模データ解析、システム生物学… text/html 2012-02-19T11:35:38+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/publications?rev=1329618938&do=diff 2012 * Kojima K, Imoto S, Yamaguchi R, Fujita A, Yamauchi M, Gotoh N, Miyano S. Identifying regulational alterations in gene regulatory networks by state space representation of vector autoregressive models and variational annealing. BMC Genomics. 13(Suppl 1):S6, 2012. * Okayama H, Kohno T, Ishii1 Y, Shimada Y, Shiraishi K, Iwakawa R, Furuta K, Tsuta K, Shibata T, Yamamoto S, Watanabe S, Sakamoto H, Kumamoto K, Takenoshita S, Gotoh N, Mizuno H, Sarai A, Kawano S, Yamaguchi R, Miyano S, Yoko… text/html 2008-07-08T13:18:17+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/research?rev=1215490697&do=diff Computational Systems Biologyが研究テーマです．「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」「ゲノムネットワークプロジェクト」などに参画し，情報科学と生命科学が融合している研究室です． text/html 2008-05-23T09:23:57+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/ronbun?rev=1211502237&do=diff 宮野研で取得した修士・博士の論文 修士論文 名前研究テーマ小島 要2007 修士（情報理工学） 多様な生物情報を用いた生物ネットワーク描画のための効率化グリッドレイアウトアルゴリズムエリク・ペッリエ2007 修士（情報理工学） 上位構造に基づく最適なベイジアンネットワークの探索加藤 充2005 修士（情報理工学） 交差コストとサブコンポーネント情報を用いた生物学的ネットワークの自動描画沼田 和幸2005 修士（情報理工学） 大規模マイクロアレイ遺伝子発現データに対するメモリ効率のよい階層型クラスタリングアルゴリズム成相 直樹2004 修士（情報理工学） 遺伝子発現データ と タンパク質間相互作用データ を利用した遺伝子ネットワーク推定広瀬 修2004 修士（情報理工学） マイクロアレイデータと結合位置データを用いたブーリアンネットワークモデルによる遺伝子ネットワークの推定金 順瑛2003 修士（情報理工学） ダイナミックベイジアンネットワークとノンパラメトリック回帰を用いた遺伝子ネットワーク推定法川本 健太郎2002 修士（情報理工学） 安田 知弘1999 修士（情報科学） Noma… text/html 2008-07-06T00:32:56+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/setsubi?rev=1215271976&do=diff 研究設備 PC通常、デスクトップPC１台とノートPC１台を使用します。メーカなどは自由に選択できます。VAIO信仰派とMac推奨派がいますが、昨今のMac Book Air人気などから徐々にMac派が優勢に。。デスクトップPC20～30インチのディスプレイｘ1～2台ノートPC1台オペレーティングシステム自分の好きなものスパコンヒトゲノム解析センターのスパコン(1000個以上のCPU・256G程度のメモリ）を自由に利用することができます。2009年1月には75TFLOPSの計算機が導入され、2011年には225FLOPSに増強され、東大情報基盤センターの計算機を越えます。学生に割り当てられるデスク広さ1畳程度パーティション有り参考図書必要な研究に関連する書籍は自由に購入可能です。仮眠スペース推奨はされませんが、研究頑張りすぎてどうしても…という場合にはソファーベッドがあります。。健康促進スペースパソコンに向かいすぎて肩が凝ったり、筋力が低下しないために、１）ぶら下がり健康器　２）ダンベル（20kgまで?）　３）ローイングマシーン　などあり… text/html 2011-09-22T21:52:46+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/sidebar?rev=1316695966&do=diff * ホーム * 求人情報 * 研究室の概要 * 研究設備 * 学生さんへ * 入学するには * 卒業後の進路 * 修士・博士論文 * 研究 * 研究テーマ * ソフトウェア * メンバー * 論文 * リンク集 * Conferences * Education text/html 2010-11-02T08:07:30+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/sign?rev=1288652850&do=diff 新着情報 2010/12/1 オープンソース大規模遺伝子ネットワーク推定ソフトウェア SiGN-SSM を公開いたしました． 状態空間モデル (SSM: State Space Model) を用いた時系列遺伝子発現データからの大規模遺伝子ネットワーク推定プログラム SiGN-SSM を公開いたしました． (ウェブサイト： <http://sign.hgc.jp/signssm/> ) text/html 2008-05-22T19:38:57+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/sinro?rev=1211452737&do=diff 卒業後の進路 今までに在籍した学生の進路は次のようになっています。 修士課程修了生 * 東京大学医科学研究所 助手 (現在の助教) * 東京大学大学院情報理工学研究科 博士課程進学 * 京都大学大学院情報学研究科 博士課程進学 * アメリカ Boston大学 Ph.D.コース進学 * 日本学術振興会特別研究員として本研究室博士課程進学 * NTT研究所 * NTTデータ * NEC * 日立中央研究所… text/html 2010-11-02T08:04:56+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/software?rev=1288652696&do=diff SiGN-SSM SiGN-SSM（サイン-SSM） は時系列遺伝子発現データから遺伝子ネットワークを推定するためのオープンソースソフトウェアです． SiGN-SSMは状態空間モデル（SSM: State Space Model） と呼ばれる動的な統計モデルを時系列の多変量観測データから推定します． 状態空間モデルは，核となる動的システムを記述する「モジュール」と， モジュールから各遺伝子への対応付けにより， 細胞内遺伝子発現の動的な変化および遺伝子間の依存関係をモデル化します． SiGN-SSM は様々な並列実行環境を用いて並列動作することが可能で， 通常の PC に搭載されたマルチコア CPU による並列実行から PC クラスタや 超並列スーパーコンピュータを用いた数百〜数千並列の動作に対応しています． SiGN-SSM は遺伝子間の動的な依存関係を解析するだけでなく， 時系列データを用いた有意に発現差のある遺伝子抽出も可能です．… text/html 2011-03-21T09:52:05+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/start?rev=1300668725&do=diff ニュース * 08/mm/dd : ホームページをリニューアルしました。 　　　 トピック * 宮野研究室への入室に関する情報はこちら！ * 記号なしリスト text/html 2008-07-06T00:38:40+09:00 http://dnagarden.hgc.jp/ja/doku.php/to_student?rev=1215272320&do=diff メッセージ * 東京大学大学院　新領域創成科学研究科メディカルゲノム専攻　修士２年　畑中洋亮 宮野研究室は自由で、個々人の生活を尊重され、結果（論文）を出すこと以外、大きな拘束がありません。所属した時から、一人の研究者として扱われるわけです。このポリシーは、宮野教授以外は「先生」と呼ばずに、「～さん」と呼ぶことにも表れています。また、研究室は３６５日、２４時間出入りができ、思いのままに自分の生活をデザインできるのが魅力的だと思います。…