overview [李　晨]

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====== 研究室の概要 ======

この分野は、マイクロアレイによる遺伝子発現情報、核酸配列、タンパク質のアミノ酸配列などの生物情報を対象として、知識の発見、情報の解釈、知識ベース化等のための知識情報処理システムを研究・開発し、それらを提供すると共に、関連する研究を行っている。次の**3つの研究**は、お互いに連携して、コンピュータによるパスウェイ解析と遺伝子ネットワーク情報の解析に応用されている。

=====遺伝子発現プロファイルデータ解析の研究=====

遺伝子発現プロファイル情報を使って遺伝子ネットワークを同定するための種々の方式、特に、ベイジアン・ネットワークとノンパラメトリック回帰による遺伝子ネットワーク推定法の開発、遺伝子ネットワークの知識ベース化と遺伝子ネットワークの視覚化、クラスター解析の研究を行っている。（図１）



=====知識発見支援システムの研究・開発=====

完全ゲノム配列データ、SNPデータ、遺伝子発現データ、タンパク質のアミノ酸配列及び構造データ等からの知識発見を支援するためのシステム（Hypothesis Creator）を研究・開発している。この概念に基づいて、同時に、タンパク質の局在予測や異常スプライシングのためのコンピュータによる知識発見を行っている。












=====バイオパスウェイのモデル化とシミュレーションの研究=====

システムバイオロジーの研究の一つとして、バイオパスウェイのモデル化とシミュレーションを通して細胞等のシミュレーションシステムを構築するための研究を行っている。生物をシステムとして捉え、遺伝子の制御情報、細胞、代謝系等についての生物・医学知識をシミュレーション可能な形で機構化することにより、システムとしての遺伝子の機能等を予測することを可能にする。

こうした研究は、バイオパスウェイのシミュレーションシステム([[ http://www.GenomicObject.Net/|Cell Illustrator]]）に実現されている。（図２）

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==== (図1) ====


{{fig1.jpg}}

<html>ベイジアンネットワークとノンパラメトリック回帰による遺伝<br>
      子発現プロファイルデータからのネットワーク推定とその可<br>
      視化解析システムのスナップショット
</html>






==== (図2) ====

{{fig2.jpg}}

<html>Genomic Object Net を用いて遺伝子制御、代謝系、<br>
      シグナル伝達などのネットワークのモデル化をスムーズ<br>
      に行う事ができ、XML を使ったパーソナライズドな可視<br>
      化環境でシミュレーションできる。図はFas ligandに誘<br>
      導されるアポトーシスのモデル化とシミュレーション</html>