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software [2008/03/04 03:06] maeda |
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| - | |[[http://www.csml.org/|{{csml.png}}]]| ←この説明がほしいです！！！！！ここの場所には。 | | ||
| - | |[[http://www.cellillustrator.com/|{{ci_logo.jpg|Cell Illustrator}}]]|Cell Illustrator (セルイラストレータ) は、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターで開発されたソフトウェアで、その製品版が株式会社ジーエヌアイから提供されています。2007年4月の時点で、バージョン3.0が最新になっています。パスウェイを描く機能とシミュレーションの機能が一つのソフトウェアです。「生物系の研究室が実験をするかたわら、パスウェイの情報を知識整理し、その知識整理したモデルをシミュレーションすることで次の実験に何をするかを決められる」ことを目標として開発されており、パスウェイをまるで絵を描くように直感的な操作で作成可能です**（図１）**。また，作成されたモデルの再利用性を高めるオントロジーの機能もユーザが意識することなく自動的に利用できます。アーキテクチャはHybrid Functional Petri Netを拡張したハイブリッドで、とても強力なエンジンです(HFPNe)。セルイラストレータで作成されたモデルはCSML形式になっており、CellMLやSBML形式のモデルを読み込むこともできます。セルイラストレータは，東京大学医科学研究所の他、山口大学大学院理工学研究科、オーストラリアのクィーンズランド大学分子生物化学研究所(IMB)やARCバイオインフォマティクスセンターで行われているVisible Cellプロジェクトなどで利用され、最先端の研究で利用できる製品として評価を受けています。また、Cell Animatorというツールも開発されており、シミュレーションの結果をアニメーションで見ることができます**（図２）**。<html><br><br></html>「システム生物学がわかる！」―セルイラストレータを使ってみよう―（共立出版）| | ||
| - | |[[http://bonsai.ims.u-tokyo.ac.jp/~mdehoon/software/cluster/index.html|Open Source Clustering Software]]| | | ||
| - | |[[http://www.ism.ac.jp/~higuchi/arraycluster.htm|{{Arc.png}}]]| | | ||
| - | |[[http://bonsai.ims.u-tokyo.ac.jp/software/ssm/|TRANSMNET]]| | | ||
